Quân Cờ Vàng (黃旗軍, Hán Việt: Hoàng Kỳ quân) là một đảng cướp thổ phỉ, có nguồn gốc từ tàn quân của phong trào Thái Bình Thiên Quốc (Trung Quốc) kéo sang Việt Nam từ giữa thập niên 1860. Đội quân này do Hoàng Sùng Anh cầm đầu, dùng hiệu kỳ màu vàng để phân biệt với quân Cờ Đen và quân Cờ Trắng, thường xuyên tổ chức cướp phá, bách hại dân chúng, đồng thời tìm cách loại trừ, tiêu diệt hai nhóm thổ phỉ còn lại.
Hoàng Sùng Anh, hay còn gọi là Hoàng Anh. Trong năm 1862, quân Cờ vàng của Hoàng Sùng Anh hoạt động mạnh ở tỉnh Tuyên Quang. Sau 4 tháng, nhận thấy tình hình cướp bóc ở Tuyên Quang không đem lại kết quả, đến tháng 4- 1862, Hoàng Anh vờ đưa ra kế hoạch đầu hàng triều Nguyễn. Nhưng đến tháng 6- 1868, quân của Hoàng Sùng Anh lại hợp sức với quân Cờ đen tấn công thành Lào Cai.
Hoàng Sùng Anh tạo phản, bị triều đình truy đuổi, năm 1869 buộc phải rút hết quân về tỉnh Cao Bằng. Liên tiếp bị quân và dân địa phương Cao Bằng đánh đuổi, cánh quân Cờ vàng buộc phải trú ẩn ở Bảo Thắng (tỉnh Hưng Hoá). Sau 5 năm, triều đình vẫn chưa thể truy quét tận gốc cánh quân cướp bóc này. Đến tháng 8-1874, không chịu nổi sự truy kích của triều Nguyễn, Hoàng Anh lại xin hàng.
Nhưng sang năm 1875, nhóm quân của Hoàng Anh lại tạo phản. Tháng 6- 1875, triều Nguyễn tập trung lực lượng tấn công nhiều phía, kết hợp với nhóm người Thổ ở địa phương, điều động Tuần phủ tỉnh Hưng Hoá là Nguyễn Huy Kỷ cùng quan sở tại Nguyễn Văn Giáo nhằm tiêu diệt hoàn toàn tên đầu sỏ này.
Theo Việt Nam sử lược của Trần Trọng Kim thì tháng 8 năm ất-hợi (1875), là năm Tự-đức thứ 28, tướng cờ vàng là Hoàng sùng Anh đem quân về đóng ở làng Châu-thượng, thuộc phủ Vĩnh-tường. Bấy giờ quan quân tán-dương quân-vụ tỉnh Sơn-tây là Tôn thất Thuyết về đánh một trận. Hoàng Sùng Anh bị tiêu diệt. Quân cờ Vàng vẫn tiếp tục hoạt động.
Trong khi đó quân Cờ đen bắt đầu gây sự ở Lào Cai vào tháng 6-1868. Tuy nhiên, như trên đã khẳng định, quân Cờ đen không phải một mình làm chủ vùng đất này mà ở Lào Cai cũng có sự có mặt của quân Cờ vàng. Quân Cờ đen đã loại bỏ quân Cờ trắng của Hoàng Nhị Vãn và không thôi hi vọng làm bá chủ.
Sự tồn tại của quân Cờ Vàng đã cản trở mục tiêu chiếm đóng của quân Cờ đen, vì vậy quân Cờ vàng nhanh chóng bị quân Cờ đen gây áp lực phải chuyển địa bàn sang nơi khác. Mâu thuẫn giữa hai cánh quân diễn ra gay gắt, đặc biệt là sau năm 1870, quân Cờ đen công khai chống đối các nhóm quân khác nhằm tranh giành quyền lợi ở các tỉnh biên giới phía bắc.
Quân Cờ đen được coi là nhóm quân hoạt động mạnh nhất ở khu vực biên giới phía bắc. Thủ lĩnh quân Cờ đen là Lưu Vĩnh Phúc.
Để loại bỏ tận gốc cánh quân Cờ vàng, điều cần thiết cho quân Cờ đen là phải có một địa bàn an toàn hoạt động lâu dài. Vì vậy, nhân cơ hội triều Nguyễn dụ hàng, Lưu Vĩnh Phúc đã chấp nhận. Tự Đức ban cho Lưu Vĩnh Phúc làm Đề đốc trấn hạt Thập Lục Châu, cho tự do thu thuế. Trong quá trình hoạt động, quân Cờ đen đã tạo những bước chuẩn bị cần thiết về lực lượng, căn cứ, nhanh chóng loại bỏ quân Cờ vàng. Năm 1875, quân Cờ vàng bị quân Cờ đen tiêu diệt hoàn toàn.
