Chữ Tự trong tên của các chùa. Tự (寺) là tiếng Hán, theo tự điển giải nghĩa là chùa. Ngày nay chữ này được dùng đứng sau, làm thành tố chính để kết hợp với một từ định danh nào đó, tạo thành cụm danh từ nêu tên gọi một ngôi chùa cụ thể, như Trấn Quốc Tự, Kim Liên Tự, Quang Minh Tự, Bửu Lâm Tự, Vĩnh Nghiêm Tự, Pháp Vân Tự… Và như thế ai cũng hiểu Tự nghĩa là chùa, cho nên người Việt vẫn thường gọi là chùa Trấn Quốc, chùa Vĩnh Nghiêm, chùa Pháp Vân… Nhưng thật ra trong ngôn ngữ Trung Quốc cổ đại thì nghĩa của Tự không phải là chùa vì Phật giáo mới tiến nhập Trung Quốc từ đầu Công Nguyên, trong khi chữ Hán thì đã có sớm hơn rất nhiều.
Vốn ngày xưa Tự vốn là từ để chỉ cơ quan làm việc cụ thể của bộ máy chính quyền phong kiến. Sách Hán Thư chú: Phàm phủ đình sở tại giai vị chi tự (nói chung nơi làm việc của phủ đình đều gọi là “Tự”). Khang Hy tự điển chú khá rõ điều này: Hán dĩ Thái thường, Quang lộc, Huân vệ úy, Thái bộc, Đình úy, Đại hồng lô, Tông chính, Tư nông, Thiếu phủ vi cửu khanh. Hậu nguy dĩ lai danh tuy nhưng cửu nhi sở lị chi cục vị chi Tự. Nhân danh Cửu tự (đời Hán lấy Thái thường, Quang lộc, Huân vệ úy, Thái bộc, Đình úy, Đại hồng lô, Tông chính, Tư nông, Thiếu phủ làm Cửu khanh. Ngụy trở về sau tuy vẫn để như cũ nhưng các sở cục thì gọi là Tự.
Vì vậy mà thành tên Cửu tự (thay cho Cửu Khanh). Thế tại làm sao từ chỗ làm việc, Tự biến thành nghĩa là chùa? Hán Minh Đế Lưu Trang (25-75CN) là vị vua đầu tiên thừa nhận địa vị Phật giáo ở Trung Quốc. Tương truyền nhà vua nằm mộng thấy “người vàng” bay qua sân điện, bèn sai sứ giả 12 người do Lang Trung Thái Âm dẫn đầu sang Tây Trúc cầu tìm đạo Phật. Đó là sự kiện năm Vĩnh Bình 7 (năm 64 CN). Ba năm sau (năm 67CN), sứ giả về với hai tăng nhân người Ấn Độ cùng rất nhiều kinh sách và tượng Phật được thồ trên lưng ngựa trắng. Lúc các tăng nhân cùng kinh, tượng về đến kinh đô, triều đình chưa chuẩn bị kịp chỗ ở riêng nên cho ở tạm trong Hồng Lô tự (một cơ quan trong Cửu khanh hay Cửu Tự). Sau đó nhà vua mới cho xây dựng cái mà chúng ta gọi là chùa để thờ Phật và các tăng nhân tu tập. Kiến trúc xây dựng theo kiểu mẫu dinh thự của quý tộc đương thời.
Sau đó chùa được xây dựng ngày càng nhiều cũng theo kiểu mẫu nhà ở của địa phương. Chính vì vậy mà chùa ở Trung Quốc, và cả ở Việt Nam khi tiếp nhận Phật giáo theo hướng Trung Quốc, có kiểu chùa rất riêng, không theo quy chuẩn mái cong tháp nhọn như nơi Phật giáo phát nguyên. Nhân vì kinh và tượng Phật được thồ về trên lưng ngựa trắng nên đặt tên chùa là Bạch Mã. Tự là chỗ đầu tiên tăng nhân tạm trú khi đến Trung Quốc nên được chuyển sang làm thành tố chính để gọi tên cho ngôi chùa: Bạch Mã Tự, ngôi chùa Phật giáo đầu tiên của Trung Quốc. Kể từ đó, nơi thờ Phật và để kinh sách cho các đạo hữu tín đồ đến học tập, đọc kinh, nghe thuyết pháp đều có chữ Tự sau tên gọi.