Từ sau năm 1888, không còn sự chỉ đạo của triều đình, nhưng các cuộc khởi nghĩa chống Pháp vẫn diễn ra sôi nổi. Quy mô lớn và kéo dài nhất trong thời kỳ này là khởi nghĩa Hương Khê và khởi nghĩa Yên Thế.
Khởi nghĩa Hương Khê (1885 – 1896)
Hương Khê là một huyện miền núi phía tây tỉnh Hà Tĩnh, nơi đây có đại bản doanh của một cuộc khởi nghĩa lớn, quy mô lan rộng cả 4 tỉnh Bắc Trung Kì, kéo đài từ năm 1885 đến năm 1896.
Lược đồ khởi nghĩa Hương Khê
Lãnh tụ cuộc khởi nghĩa là Phan Đình Phùng. Phan Đình Phùng sinh năm 1847, quê ở làng Đông Thái (nay thuộc xã Tùng Ảnh), Đức Thọ, Hà Tĩnh. Năm 1877, ông thi đỗ Đình nguyên Tiến sĩ, từng làm quan Ngự sử trong triều đình.
Với bản tính cương trực, ông phản đối việc Tôn Thất Thuyết phế bỏ Dục Đức, lập Hiệp Hoà làm vua, vì vậy đã bị cách chức đuổi về quê. Tuy vậy, khi Tôn Thất Thuyết đưa vua Hàm Nghi ra vùng Hà Tĩnh, ông vẫn đến yết kiến và được giao trọng trách tổ chức phong trào chống Pháp ngay tại quê nhà.
Từ năm 1885 đến năm 1888 là giai đoạn chuẩn bị lực lượng, xây dựng cơ sở chiến đấu của nghĩa quân. Được Phan Đình Phùng giao nhiệm vụ, Cao Thắng đã tích cực chiêu tập binh sĩ, trang bị, huấn luyện và xây dựng căn cứ thuộc vùng rừng núi các tỉnh Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình.
Ông đã cùng các thợ rèn làng Trung Lương và Vân Chàng (Đức Thọ) nghiên cứu chế tạo thành công súng trường theo mẫu của Pháp.
Từ năm 1888 đến năm 1896, nghĩa quân bước vào giai đoạn chiến đấu quyết liệt. Sau một thời gian ra Bắc, tìm cách liên lạc với các sĩ phu, văn thân, Phan Đình Phùng trở về Hà Tĩnh, cùng Cao Thắng trực tiếp lãnh đạo cuộc khởi nghĩa.
Nghĩa quân Hương Khê được phiên chế thành 15 quân thứ, đặt dưới sự chỉ huy của những tướng lĩnh tài ba. Đại bản doanh cuộc khởi nghĩa đặt tại núi Vụ Quang.
Từ đầu năm 1889, nghĩa quân đẩy mạnh hoạt động và liên tục mở các cuộc tập kích, đẩy lui nhiều cuộc hành quân càn quét của địch.
Cao Thắng chế tạo súng trường
Nhiều trận đánh nổi tiếng đã diễn ra, như trận tấn công đồn Trường Lưu (5.1890), trận tập kích thị xã Hà Tĩnh (8.1892) giải phóng 700 tù chính trị… Nhưng trong trận tấn công đồn Nu (Thanh Chương) trên đường tiến quân về tỉnh lị Nghệ An, Cao Thắng đã bị trúng đạn và hi sinh năm 29 tuổi. Đây là một tổn thất lớn của nghĩa quân.
Trước sức mạnh áp đảo của giặc, nghĩa quân vẫn kiên trì chiến đấu. Ngày 17.10.1894, họ giành được thắng lợi lớn trong trân phục kích địch ở núi Vụ Quang. hàng chục tên giặc đã bị tiêu diệt.
Sau trận đánh này, đội quân tay sai của Pháp do Nguyễn Thân chỉ huy tiếp tục tổ chức cuộc vây hãm núi Vụ Quang. Nghĩa quân bị triệt đường tiếp tế, quân số giảm sút nhiều. Trong một trận ác chiến, Phan Đình Phùng bị thương nặng và hi sinh ngày 28.12.1895. Năm 1896, những thủ lĩnh cuối cùng của cuộc khởi nghĩa lần lượt rơi vào tay Pháp.
Cuộc khởi nghĩa Hương Khê sau hơn 10 năm tồn tại đến đây kết thúc. Đây là cuộc khởi nghĩa tiêu biểu nhất trong phong trào Cần vương chống Pháp cuối thế kỉ XIX.
Cuộc khởi nghĩa bị thất bại bởi nhiều nguyên nhân, trong đó có những hạn chế về đường lối, phương pháp tổ chức và lãnh đạo.
Khởi nghĩa Yên Thế (1884 – 1913)
Ngoài các cuộc khởi nghĩa nổ ra dưới ngọn cờ Cần vương, vào những năm cuối thế kỉ XIX còn xuất hiện nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân và nhân dân các dân tộc ở miền núi chống chính sách cướp bóc và bình định quân sự của thực dân Pháp. Tiêu biểu là cuộc khởi nghĩa Yên Thế.
Yên Thế là vùng bán sơn địa ở phía tây bắc tỉnh Bắc Giang. Vào giữa thế kỉ XIX, do tình trạng suy sụp của nền nông nghiệp nước ta, tại đây đã hình thành những xóm làng của nông dân nghèo từ các nơi tụ họp về. Họ nương tựa vào nhau để sinh sống và chống lại các thế lực từ bên ngoài đe doạ.
Lược đồ khởi nghĩa Yên Thế
Khi thực dân Pháp chiếm Bắc Kì, chúng đưa quân lên bình định cả vùng Yên Thế. Để bảo vệ cuộc sống của mình, nông dân ở đây đã đứng lên tự vệ.
Hoạt động của nghĩa quân Yên Thế có thể chia làm 4 giai đoạn :
Giới đoạn từ năm 1864 đến năm 1892
Tại vùng Yên Thế có hàng chục toán quân chống Pháp hoạt động riêng lẻ, đặt dưới sự chỉ huy của các thủ lĩnh khác nhau. Thủ lĩnh có uy tín nhất lúc đó là Đề Nắm đã lãnh đạo nghĩa quân đấy lui nhiều trận càn quét của quân Pháp vào khu vực Cao Thượng, Hố Chuối. Đến năm 1891, nghĩa quân làm chủ một vùng rộng lớn và mở rộng hoạt động sang Phủ Lạng Thương (vùng thành phố Bắc Giang ngày nay).
Trước những đợt tấn công, càn quét mới của giặc, nghĩa quân phải rút dần lên vùng Bắc Yên Thế xây dựng, củng cố hệ thống công sự phòng thủ.
Tháng 3.1892, Pháp huy động khoảng 2200 quân, gồm nhiều binh chủng ồ ạt tấn công vào căn cứ của nghĩa quân. Lực lượng nghĩa quân bị tổn thất nặng, nhiều người bị địch bắt và giết hại, một số phải ra hàng. Đề Nắm bị sát hại vào tháng 4.1892.
Quân khởi nghĩa của Đề Thám
Giai đoạn từ năm 1893 đến năm 1897
Lúc này, Đề Thám (Hoàng Hoa Thám) trở thành thủ lĩnh tối cao của cuộc khởi nghĩa.
Hoàng Hoa Thám tên thật là Trương Văn Thám, quê ở Tiên Lữ (Hưng Yên), theo gia đình lên làm ăn ở Sơn Tây, sau sang Yên Thế (Bắc Giang) sinh sống. Sau khi Đề Nắm hi sinh, ông tập hợp những toán nghĩa binh còn sót lại, mở rộng địa bàn hoạt động.
Trong bối cảnh phong trào kháng chiến cả nước bị đàn áp dữ dội, nhiều cuộc khởi nghĩa đã thất bại. Đề Thám phải tìm cách giảng hoà với Pháp để có thời gian củng cố lực lượng. Tháng 10.1894, theo thoả thuận giữa hai bên, quân Pháp phải rút khỏi Yên Thế, Đề Thám được cai quản bốn tổng:
Yên Lễ, Mục Sơn, Nhã Nam, Hữu Thượng. Nhưng cuộc hoà hoãn kéo dài chưa được bao lâu thì Pháp đã bội ước, lại tổ chức tấn công (11 – 1893). Nghĩa quân phải chia nhỏ thành từng toán, trà trộn vào dân để hoạt động.
Nhằm bảo toàn lực lượng, lại biết được ý đồ của Pháp đang muốn chấm dứt xung đột để tiến hành khai thác thuộc địa, Đề Thám xin giảng hoà lần thứ hai (12.1897). Để được hoà hoãn lần này, Đề Thám phải tuân thủ những điều kiện ngặt nghèo do Pháp đặt ra, như nộp khí giới, thường xuyên trình diện chính quyền thực dân.
Bề ngoài, Đề Thám tỏ ra phục tùng, nhưng bên trong thì ngấm ngầm chuẩn bị lực lượng chống Pháp.
Giai đoạn từ năm 1898 đến năm 1908
Tranh thủ thời gian hoà hoãn kéo dài, Đề Thám cho nghĩa quân vừa sản xuất, vừa tích cực luyện tập quân sự tại đồn điền Phồn Xương. Đội quân của ông tuy không đông (khoảng 200 người) nhưng rất tinh nhuệ, thiện chiến. Căn cứ Yên Thế trở thành nơi tụ hội của những nghĩa sĩ yêu nước từ khắp nơi kéo về (từ Hà Tĩnh, Nghệ An, Thanh Hoá, Hưng Yên, Hải Dương…).
Giai đoạn từ năm 1909 đến năm 1913
Sau vụ đầu độc lính Pháp ở Hà Nội năm 1908, thực dân Pháp quyết định mở cuộc tấn công nhằm tiêu diệt bằng được phong trào nông dân Yên Thế. Nghĩa quân trải qua những tháng ngày gian khổ, phải di chuyển liên tục từ nơi này sang nơi khác. Nhiều thủ lĩnh đã hi sinh, một số phải ra hàng. Đến tháng 2.1913, khi Đề Thám bị sát hại, phong trào tan rã.
