Quân Cờ Đen (giản thể: 黑旗军; phồn thể: 黑旗軍; Hán-Việt: Hắc Kỳ quân; bính âm: Hēi qí jūn; Việt bính: hak1 kei4 gwan1) là một nhóm đảng cướp có quân số đa số xuất thân từ quân đội người Tráng, di chuyển từ vùng Quảng Tây của Trung Quốc băng qua biên giới vào hoạt động ở miền núi phía Bắc Kỳ thuộc triều đình Huế vào năm 1865, được biết đến nhiều chủ yếu do những trận đánh với lực lượng Pháp. Đội quân này mang tên Cờ Đen là do thủ lĩnh của họ, Lưu Vĩnh Phúc, ra lệnh dùng cờ hiệu màu đen.
Sau khi loại bỏ được quân cờ Trắng và cờ Vàng. Quân Cờ đen được coi là nhóm quân hoạt động mạnh nhất ở khu vực biên giới phía Bắc. Đương thời, những hoạt động của quân Cờ đen đã được diễn tả lại trong một số câu thơ:
Bao giờ cho hết khoá này
Cho dân khỏi phải khổ lây vì giời (vì vua)
Bao giờ sắt nặng biết bay (có máy bay)
Cờ đen hoạ có đến ngày phải tan.
Để loại bỏ tận gốc cánh quân Cờ vàng, điều cần thiết cho quân Cờ đen là phải có một địa bàn an toàn hoạt động lâu dài. Vì vậy, nhân cơ hội triều Nguyễn dụ hàng, Lưu Vĩnh Phúc đã chấp nhận. Tự Đức ban cho Lưu Vĩnh Phúc làm Đề đốc trấn hạt Thập Lục Châu, cho tự do thu thuế. Trong quá trình hoạt động, quân Cờ đen đã tạo những bước chuẩn bị cần thiết về lực lượng, căn cứ, nhanh chóng loại bỏ quân Cờ vàng.
Theo ghi chép của người Pháp, lực lượng Cờ đen đóng tại Lào Cai, lúc đó là một thị trấn giao dịch nhỏ với hai, ba trăm nóc nhà tre mái lợp tranh. Dân cư thị trấn phần lớn là người Tàu, nói tiếng Quảng Đông. Thành Lào Cai là một thành bằng đá nhỏ, tường thấp, đươc bảo vệ bởi khoảng 15 khẩu pháo nhỏ, với một khẩu thần công bằng đồng nòng lớn 5 tấc (12.7 cm). Trong thành đóng đại bản doanh của Lưu Vĩnh Phúc với 200 thủ hạ thân tín, trong tổng số khoảng 800 quân Cờ đen. Lực lượng này được nhà chức trách An Nam trả lương 35 xu (quy ra tiền dollar) một tháng và lương ăn như với quân chính quy triều đình. Số tiền này được chuyển cho Lưu Vĩnh Phúc để phân phát lại cho binh lính dưới trướng hàng tháng là 30 kg gạo và 1,500 đồng tiền kẽm (1.40 đồng dollar bằng bạc), còn khi đi đánh trận thì được hưởng lương gấp đôi. Ngoài ra thỉnh thoảng quân lính còn được cấp thuốc phiện và rượu gạo. Chi phí để nuôi đạo quân này lên đên 17,000 dollar bạc hàng năm, lấy từ tiền lương triều đình trả và tiền thu thuế ở Lào Kai.
Năm 1875, quân Cờ vàng bị quân Cờ đen tiêu diệt hoàn toàn.
Địa bàn hoạt động của quân Cờ đen ngày càng rộng lớn và sức ảnh hưởng của nhóm quân ngày càng mạnh. Năm 1829, quân Cờ đen đánh bại Hà Quân Xương, một tên cầm đầu các nhóm cướp bóc ở Bảo Thắng (Hưng Hoá), chiếm lấy thị xã Lào Cai làm căn cứ. Quân Cờ đen làm chủ hoàn toàn vùng biên giới, tự thu thuế của cư dân các vùng xung quanh. Sau này, Lưu Vĩnh Phúc đã phối hợp với quân của Hoàng Thủ Trung, Phùng Tử Tài…
Trận Cầu Giấy lần thứ nhất (Tháng 12-1873)
Năm 1873, Triều đình Nhà Nguyễn tranh thủ sự giúp đỡ của quân Cờ đen để đối mặt với âm mưu xâm chiếm Bắc Kỳ của trung úy hải quân Pháp Francis Garnier, người đã hành động không theo mệnh lệnh sau khi được cử đến đó làm nhiệm vụ ngoại giao. Vào ngày 21 tháng 12 năm 1873, Lưu Vĩnh Phúc và khoảng 600 quân Cờ đen (tiếng Pháp: pavillons noirs, drapeaux noirs), diễu hành bên dưới một biểu ngữ khổng lồ màu đen, tiến đến cổng phía Tây của Thành Hà Nội. Một đội quân lớn của Triều đình theo sau. Garnier ra lệnh pháo kích quân Cờ đen bằng bệ pháo dã chiến gắn phía trên cổng, và khi quân Cờ Đen bị đẩy lui, ông dẫn đầu một nhóm gồm 18 lính thủy đánh bộ Pháp ra khỏi cổng để truy đuổi. Garnier và ba người của ông lao lên dốc trong một cuộc tấn công bằng lưỡi lê vào một nhóm Cờ đen nhưng bị đâm chết sau khi vấp ngã trong một hố nước. Bốn người đồng đội khác của Garnier gồm có Dagorne, Bonifay, Sorre, và phó chỉ huy Balny dẫn một đội lính nhỏ để tăng viện Garnier nhưng cũng đã bị giết chết. Ba binh sĩ Pháp khác cũng bị giết trong các cuộc xuất kích này, và những người khác chạy về thành sau khi các sĩ quan của họ thất thủ
Trận Cầu Giấy lần thứ hai (Tháng 5-1883)
Mười năm sau, với việc Pháp một lần nữa đẩy mạnh vào Bắc Kỳ, các cuộc chiến không được khai báo đã nổ ra vào năm 1883 và nửa đầu năm 1884 như một khúc dạo đầu cho Chiến tranh Thanh-Pháp. Quân Cờ đen đã giao chiến với quân Pháp ở Bắc Kỳ. Trận đụng độ lớn đầu tiên là tại Trận Cầu Giấy (ngày 19 tháng 5 năm 1883), trong đó thuyền trưởng hải quân Pháp Henri Rivière bị phục kích và bị giết. Đó là một chiến thắng nhanh chóng và nổi bật của Quân Cờ Đen.
Giải tán
Theo một trong các điều kiện hòa ước giữa Pháp và Thanh để chấm dứt cuộc chiến tranh Pháp-Thanh, Lưu Vĩnh Phúc phải rời Bắc Kỳ. Tới giai đoạn cuối cuộc chiến này, quân Cờ Đen chỉ còn khoảng 2.000 người, và không có khả năng chống lại Đường Cảnh Tùng và các chỉ huy quân Vân Nam khác. Lưu về lại Trung Quốc với một số thuộc hạ thân tín, bỏ lại phần lớn quân Cờ Đen giải tán ngay tại Bắc Kỳ trong mùa hè năm 1885. Không được trả lương trong vòng mấy tháng, và có sẵn vũ khí, số quân này quay lại làm giặc cướp, đội danh quân Cần Vương kháng Pháp. Người Pháp phải mất hàng tháng để đánh dẹp các nhóm này, và đường từ Hưng Hóa cho tới Lào Cai phải tới tháng 2 năm 1886 mới an toàn trở lại. Năm 1887, quân Cờ Đen vẫn đủ sức lục soát và cướp phá Luang Prabang.
Đương thời, quân Cờ Đen tuy có công gây tổn thương cho lực lượng viễn chính của Pháp đang xâm chiếm Đông Dương, nhưng chính quân Cờ Đen cũng gây nhiều ca thán, tàn hại thường dân. Một võ tướng bấy giờ là Ông Ích Khiêm không đồng tình khi triều đình Huế mượn sức quân Cờ Đen chống chọi với Pháp. Ông cũng chê trách các quan Việt bất tài, nên khi hữu sự phải nhờ vào người Tàu để đánh giặc. Ông có làm bài thơ trách cứ tinh thần ỷ lại của các quan trong triều:
- Áo chúa cơm vua hưởng bấy lâu
- Đến khi có giặc phải thuê Tàu
- Từng phen võng giá mau chân nhẩy
- Đến bước chông gai thấy mặt đâu
- Tiền bạc quyên hoài dân xác mướp
- Trâu dê ngày hiến đứa răng bầu
- Ai ôi hãy chống trời Nam lại
- Kẻo nữa dân ta phải cạo đầu
Từ thực tế lịch sử của dân tộc ta ở cuối thế kỷ XIX cho thấy rõ ý thức của triều đình nhà Nguyễn, mà đứng đầu là vua Tự Đức trong việc bảo vệ biên cương. Mỗi khi có sự tấn công của các nhóm phản loạn hay cướp bóc, Tự Đức luôn họp bàn với các quan quân để bàn phương pháp đối phó. Ông luôn có những biện pháp cấp bách để có thể đẩy lùi tình trạng bất ổn về an ninh, quốc phòng ở các tỉnh biên giới phía Bắc. Thái độ của Tự Đức cũng như quan quân triều đình và địa phương trước sau đều kiên quyết bảo vệ vững chắc cương giới đất nước.