Theo như tục truyền thì chùa Linh Mụ ở Huế còn có tên khác là Thiêng Mụ. Tại sao người ta hay gọi là Thiên Mụ?
Tục vẫn truyền và sách vẫn ghi rằng đó là chùa Thiên Mụ. Từ điển di tích văn hoá Việt Nam của Viện nghiên cứu Hán Nôm do Ngô Đức Thọ chủ biên (Nxb. Khoa học Xã hội và Nxb. Mũi Cà Mau, 1993) đã chép về chùa này như sau:
“Ở xã Hà Khê, huyện Kim Trà, sau đổi là huyện Hương Trà, nay thuộc thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên-Huế. Chùa do Đoan quốc công Nguyễn Hoàng cho xây dựng năm Tân Sửu niên hiệu Hoàng Định thứ 2 (1601). Bấy giờ, sau hơn 6 năm ở kinh đô Thăng Long giữ chức Thái bảo, Nguyễn Hoàng trở về Thuận Hoá xây dựng thế lực để biệt lập với họ Trịnh. Một hôm nhân khi rỗi việc, Nguyễn Hoàng đi thăm các nơi núi sông cảnh đẹp trong bản trấn. Khi đến xã Hà Khê, huyện Kim Trà, thấy giữa chốn đồng bằng đột khởi một đồi cao tựa đầu một con rồng đang nhìn về núi mẹ. Đoan quốc công thầm khen là nơi danh thắng, bèn trèo lên đồi cao ngắm khắp xung quanh. Chợt thấy một đoạn hào cắt ngang dưới chân núi, chưa rõ nguyên do ra sao. Nguyễn Hoàng sai hỏi người địa phương. Các bô lão nói: tương truyền núi này rất linh thiêng. Cao Biển (nhà Đường) sang làm An Nam đô hộ phủ từng đi khắp nơi ở nước ta xem nơi nào có vượng khí thì lập phép trấn yểm. Đêm hôm ấy Biền chiêm bao thấy một bà lão đầu tóc bạc phơ ngồi dưới chân núi này kêu gào than vãn, rồi cất tiếng nói to: “Đời sau nếu có bậc quốc chủ muốn bồi đắp mạch núi này để làm mạnh cho Nam triều thì nên lập chùa thờ Phật, cầu linh khí trở về để giúp nước yên dân, tất không có sự gì đáng phải lo ngại”. Nói xong, bà lão biến mất. Dân địa phương từ đó đặt tên núi là Thiên Mụ (bà lão nhà Trời), Nguyễn Hoàng nghe nói cả mừng, bảo rằng: “Ấy là bà lão nhà Trời bảo ta mở nên định đất, biến nhà thành nước để gây nghiệp lớn”. Nói đoạn sai người cất dựng chùa Phật, tự tay viết biển đề tên chùa là “Thiên Mụ tự”
Cứ theo sự tích như trên, thì đó phải là chùa Thiên Mụ chứ không phải là “Thiêng Mự” vì rõ ràng thiên ở đây là trời.
