Vào năm 1898, Đức Cha Jean Dépierre (Đễ, 1895-1899), Giám Mục Sài Gòn, thấy rằng họ đạo người Hoa mỗi ngày một suy giảm, từ 100 người giảm còn khoảng 40 người, nên đã quyết định cử cha Phanxicô Xaviê Tam Assou (đọc theo tiếng Hán là Đàm Á Tô), là người Hoa biết đủ loại tiếng Trung Quốc, đang làm cha phó Nhà Thờ Chánh Tòa Sài Gòn kiêm chức giáo sư trường Tabert, vào Chợ Lớn với mong mỏi làm hồi sinh lại đời sống đạo của người Hoa.

Cha đã tìm mua được một khu đất rất đẹp, rộng chừng 3 mẫu ở ngay trung tâm Chợ Lớn và trên đó ngài khởi sự xây dựng một ngôi nhà thờ mới, tức là ngôi thánh đường mà chúng ta đang có hiện nay. Đức Cha Lucien Mossard (Mão, 1899-1920) đã cử hành Lễ Đặt Viên Đá Đầu Tiên vào ngày lễ Thánh Phanxicô Xaviê 03/12/1900 và Lễ Cung Hiến trọng thể vào ngày 10/01/1902, sau khi xây dựng nhà thờ, cha Tam còn xây thêm được một trường học, một nhà nuôi trẻ, một nhà nội trú và một số nhà ở cho thuê.

Nguồn gốc nhà thờ Cha Tam.

Thời đó xét thấy ở khu vực thánh phố Chợ Lớn thuộc giáo xứ Chợ Quán, người Việt gốc Hoa theo đạo Công giáo không có nơi cầu nguyện, đô đốc Lagrandière lúc đó đang là Thống đốc Nam Kỳ, đã ra lệnh cho Sở Công trình công cộng dùng tiền công, để xây dựng một ngôi nhà thờ, được sự hỗ trợ của chính quyền, Giám mục Dépierre đã cử linh mục Pierre d’ Assou có tên Hoa là Đàm Á Tố (Tam An Su), đọc sang âm Việt là Cha-Tam, đứng ra mua một khu đất rộng 3 hecta ở xóm Lò Rèn, mặt tiền đối diện đường Thủy Binh (Rue des Marins, nay là đường Trần Hưng Đạo), gần Lệ Châu hội quán (nhà thờ tổ nghề kim hoàn của Sài Gòn xưa), ngay trung tâm Chợ Lớn để xây dựng, ngày 3 tháng 12 năm 1900, nhân ngày lễ Thánh Phanxicô Xaviê (Saint Francisco Xavier), vị Giám mục địa phận Sài Gòn Mossard, đã đến làm phép đặt viên đá đầu tiên xây ngôi thánh đường, và vì thế ngôi thánh đường được mang tên vị thánh này, hai năm sau, vào ngày 10 tháng 1 năm 1902, lễ cung hiến thánh đường được tiến hành một cách trọng thể.

Tuy nhiên, vì linh mục Pierre d’ Assou, người đứng ra xây dựng nhà thờ và cũng là vị cha sở đầu tiên, nên dân gian quen gọi là nhà thờ Cha Tam, sau đó, Cha Tam cũng đã cho xây dựng thêm ở khu vực nhà thờ một trường học, nhà nuôi trẻ, một nhà nội trú và một số nhà dành để cho thuê, vào năm 1990, tháp chuông nhà thờ được tu sửa lại và cung thánh được tân trang.

======================
BÊN LỀ
Ngày 1 tháng 11 năm 1963, cuộc đảo chính quân sự nổ ra, anh em Tổng thống Ngô Đình Diệm và người em ruột là Cố vấn Ngô Đình Nhu đã phải tạm lánh đến ở một nhà người Việt gốc Hoa tên là Mã Tuyên ở khu vực Chợ Lớn, sáng hôm sau, tức ngày 2 tháng 11 năm 1963, hai ông đã đến nhà thờ Cha Tam này cầu nguyện trước khi bị phe đảo chính hạ sát ngay trên đường áp tải từ nhà thờ Cha Tam về Bộ Tổng tham mưu .